Q. 2018년도 및 2019년도분 고용증대 세액공제를 신청하였으나 최저한세 적용으로 인해 공제는 받지 못해 전액 이월된 상황입니다. (2019년도에 2018년보다 상시근로자수 증가함) 2020년도에는 상시근로자수가 2018년도보다는 증가했고 2019년도보다는 감소했습니다. (이해의 편의를 위해 청년/청년외는 나누지 않겠습니다.) 그래서 2018년도분의 3차 공제는 가능하고 2019년도분의 2차 세액공제는 불가하며, 2019년도보다 감소한 근로자수의 공제분을 납부해야 하는데요. 2018년도 및 2019년도 최저한세 적용으로 전액 이월된 세액공제액에서 상기 납부해야하는 세액만큼 차감하려고 합니다. 이 때 2018년도분 또는 2019년도분 중 어느 이월분에서 차감해야 하는 것인지 궁금합니다.

A. 조세특례제한법 제29의 7에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 신청한 내국법인이 그 세액공제액 중 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액을 이월한 후 상시근로자 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우, 공제받은 세액을 한도로 법인세를 납부하고 나머지 금액은 이월된 세액공제액에서 차감하는 것입니다. 귀 질의의 경우 최초로 공제(이월)받은 과세연도가 각각 2018년, 2019년이고 2019년 최초공제(이월)액이 감소한 것이므로 2019년 이월분에서 차감하는 것이 타당한 것으로 판단됩니다.

관련규정 : 조세특례제한법 제29조의7[고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제], 동법 시행령 제26조의7[고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제], 서면-2020-법인-5929, 2021.07.29.